Nama Gereja St.Thomas Kepayan diambil bersempena nama ST.THOMAS MORE.Nama ini diilhamkan oleh Rev.Fr.William Smith.Sebelum Chapel St.Thomas Kepayan dibina,para umat di sekitar Kepayan mengadakan Misa Kudus di Barek Polis Kepayan,yang dikendalikan oleh Rev.Fr.William Smith dan dibantu olehg encik Julius Bakansing.Ianya hanya berjalan untuk tempoh beberapa tahun sahaja dan terpaksa dihentikan.Maka Misa Kudus bagi umat sekitar Kepayan telah dihentikan untuk beberapa waktu.Atas usaha encik Julius Bakansing,maka Ketua Kampung Kepayan ketika itu telah memberikan kebenaran untuk mengunakan Balai Raya Kampung Kepayan sebagai tempat ibadat untuk sementara waktu.
Koperasi Kepayan telah membenarkan satu kawasan yang sesuai untuk membina Chapel.Dengan usaha encik Julius Bakansing,encik Julian N.Lobijin,encik Michael Lojunang dan beberapa orang lagi,maka perancangan telah dibuat untuk mengutip dana bagi menampung kos pembinaan Chapel.Kawasan tanah seluas 50'X 100' telah diperuntukan.Rev.Fr.William Smith telah mendermahkan sejumlah RM6,000.00 (sempena menyambut hari ulang tahun beliau) dan selebihnya adalah daripada sumbangan umat sekitar Kampung Kepayan.
Sebuah Chapel telah berjaya didirikan dengan kerjasama dan gotong-royong umat setempat.Setelah sekian lama,ruangan Chapel tersebut tidak lagi dapat menampung bilangan umat yang ramai,maka ruangan dan pembesaran telah dijalankan beberapa kali.Walaubagaimanapun ianya semakin lama dan usang.
Pada tahun 1981,Majlis Umat Katolik,telah memohon satu tapak tanah untuk pembinaan Gereja baru.Pada mulanya permohonan tersebut telah diluluskan,tetapi kemudian telah dibatalkan,menyebabkan pembinaan bangunan Gereja telah tergendala untuk beberapa tahun.Pada 1985 AJK baru telah dibentuk untuk merujuk kembali permohonan tanah tersebut.Selama 3 tahun dari itu,maka kelulusan telah diperolehi atas tanah tersebut.Tahun 1989,sebuah badan dibentuk untuk meneruskan projek pembinaan Gereja baru.
Puji Tuhan...Maka pada 18hb November 1990,2.00 pm ,Gereja St.Thomas Kepayan telah diresmikan oleh YAB Datuk Seri Joseph Pairin Kitingan,Ketua Menteri Sabah (Pada masa tersebut).
